Gene Assembly
Die Vorlesung stellt 2 Ansätze vor, wobei der 2. noch eine Erweiterung erhält.

Ansatz 1, Gene Assembly, intramolekular, 3 Operationen:

• Loop
• Double Loop
• Hairpin

Ansatz 2a, Gene Assembly, intra + intermolekular

• nur eine intra molekulare + eine intermolekulare operation verfügbar
• intra molekular basiert auf ausschneiden eines zirkulären stückes welches an den Enden gleiche Pointer hat
• intermolekular fügt rotiertes zirkuläres wort in anderen strang wieder ein

Probleme bei diesem Ansatz:

• Berechnungsstärke: regulär
• Verhalten von Ciliaten ist kontextgesteuert => Ansatz 2b

Ansatz 2b, Gene Assembly, intra + intermolekular, kontextgesteuert

• intramolekulare Operation muss beim Ausschneiden Kontext bedingung beachten, auszuschneidendes Wort muss darf nur dann ausgeschnitten werden, wenn neben Pointern Kontext gleich ist, Kontext wird jeweils für linke und rechte Seite des auszuschneidenden Wortes definiert
• intermolekulare Operation, darf nur einfügen wenn im zielwort (dort wo eingefügt werden soll) kontext pxq vorkommt und im einzufügenden wort